1、培养方向不同 一般工程的培养目标定位为“宽口径、厚基础”，培养具备广泛专业知识的复合型人才；而工程管理的培养目标重点是培养在工程技术领域有系统思维、创新意识、战略眼光和高素质的领导者、管理者。由此可见二者的培养方向有一定的区别。
2、基本学制不同 一般情况下，工程硕士研究生基本学制为3年，部分院校可实行弹性学制，允许学生用一定的时间完成学业；工程管理硕士基本学制为2.5年，其中包含集中授课0.5年（共需修满45个学分）、自学与网上学习2.5年。
3、课程设置不同 由于二者所属学科门类不同，因此各个学校设置的课程也有差异，但是都会涉及工程经济学、工程法学、工程项目管理、工程投融资与项目决策、工程合同管理与风险管理、国际工程承包与劳务合作等内容。
终玥琳优质答主在专业学位教育指导委员会的组织设置上，工程和工程管理分属两个不同的专业学位教育指导委员会（简称教指委）：工程专业学位教指委和工程管理专业学位教指委。在专业学位名称的设置上，目前工程硕士有40个工程领域，工程管理硕士只有工程管理领域。因此工程管理硕士不是工程硕士下的二级学科。工程管理硕士与工程硕士是两个不同的专业学位类别。
在培养目标和招生上：工程硕士主要培养工程设计与施工领域应用型人才，招生对象一般要求具有工程技术或工程管理方面实践经验；工程管理硕士是一个横跨技术和管理的交叉学科，主要为建设、制造、金融、信息等工程领域培养工程管理人才，招生对象可同时招收工程技术或工程管理人员。
在具体专业方向上，工程管理专业学位与个别工程专业学位可能存在交叉。如在工程管理专业学位下可以设置项目管理研究方向，工程专业学位下可以设置项目管理工程领域，两个学位授权点在项目管理人才培养上存在类似情况。
综上所述，工程管理硕士不是工程硕士下的二级学科，其与工程硕士在管理技术方面存在交叉。
