目前，日本国内有6所国立大学开设口腔医学专业。分别是： 东京医科学校（1838年建立）
东北帝国大学（1907年建立） 京都医科学校（1925年建立） 大阪医科学校（1881年建立） 金泽医科大学（1949年建立） 仙台医学院（1939年建立） 还有几所私立大学也设有口腔医学专业的研究生院。
1.东京齿科大学 学校位于日本首都东京都心池。以培养牙周病学、儿童少年齿科学等学科领域高级人才为主。是日本本土第一个设立齿药学专业和博士课程的发源地。
2.大津市立医科大学 学校以培育口腔临床学科领域的高级人材为教育目标。拥有先进的教学研究和诊疗设备，被公认为“亚洲最具规模的齿科医院之一”。
3.埼玉医科大学 该校的口腔外科尤其有名，是少数可以实施高难度手术的口腔医院。同时，对牙齿矫正方面也有丰富的临床经验。
4.新泻牙科大学 建校历史悠久。作为一所综合性大学，其医学院内设置了众多研究机构和研究室。并设立了专门的研究机构进行口腔疾病的预防和治疗；以及齿科材料的开发与研究。
蒲小筠优质答主日本共有121所大学设有口腔颌面部外科学专业，61所大学设有预防齿学专业，111所大学设有齿周学专业，82所大学设有咬合科学专业，牙髓病学、口腔黏膜病学和儿童牙科学等专业设置较少。另外在课程时数上，牙科技工内容减少，而口腔正畸学、口腔外科学院和牙周病学时数增加。
在日本，能够学习齿学的高等教育机构被称作“齿学教育机构”，包括两类：“齿学部”和“齿学研究科”。“齿学部”招收大学入学考试合格者，也就是高中生，教育形式相当于其他国家的“本科教育”或“学士阶段教育”；“齿学研究科”以“齿学部”毕业生或其它大学毕业并接受过相当于“齿学部”水平的教育者为招生对象，教育形式等同于其他国家的“研究生教育”或“硕士乃至博士阶段教育”。根据日本文部科学省的资料，2013年度共有78个“齿学教育机构”向日本政府申报了设置“卒业”资格，这些“教育机构”中，有设有“齿学部”的“大学”55所，有设有“齿学研究科”并同时授予“前期课程”和“后期课程”学位的“大学”22所，有仅设有“齿学研究科后期课程”的“大学”1所。这些机构在日本全国47个都道府县中覆盖了30个都道府县，其中埼玉、大阪、东京等3个都县的“齿学教育机构”最多，各有5个以上，京都、群马、兵库、神奈川、爱知、福冈等6个府县各有3~4个机构，青森、岩手、秋田、宫城、山形、福岛、栃木、茨城、石川、富山、岐阜、三重、滋贺、奈良、和歌山、岛根、鸟取、广岛、高知、德岛、宫崎、鹿儿岛、青森等23个道县各有1个机构，北海道、长野、冈山、佐贺、冲绳等5个道县没有“齿学教育机构”。
